Golfklubben bildades 1963 med fyra spelbara hål och ett fyrtiotal medlemmar med herrar Arvid Melin, Sigvard Edberg, Gunnar Brinck och Gösta Hedén i spetsen. 1986 övergavs ladan som klubbhus till nuvarande vackra byggnad som en gång tjänat som ålderdomshem.

I en svårforcerad terräng – både i form av komplicerade markägarförhållanden och bohuslänsk gnejs blev SkGK en 18-hålsbana 1994. Sju jobbiga år från beslut och mycket dynamit gick åt till färdig bana. Boplatser från järnåldern var det sista banhindret vilket  är utforskat, återställt och nysått för spel år 2000. Men Skaftö har blivit en av Sveriges mest natursköna golfbanor.
Under 2017 renoverades klubbhuset med nya hotellrum och nytt kök och till säsongen 2022 stod ett nytt hotell med 16 dubbelrum färdigt i anslutning till klubbhuset.
Sedan 2018 har Skaftö Golfklubb arrangerat proffstävlingen för damer Skaftö Open, som 2021 och 2022 ingått i damernas europatour.